La commission 4 a traité de l'organisation territoriale et s'est penchée sur des thèmes comme la structure du territoire, l'organisation interne, la répartition des tâches et la collaboration entre le canton et les communes. Elle a examiné également les relations de Genève avec la région ainsi qu'avec la Genève internationale. 
Afin d'alimenter sa réflexion dans ses domaines d'étude, la commission 4 a, tout au long de ses travaux organisé des 
auditions, des auditions d'experts, de magistrats des différents types de communes (rurale et résidentielle, périurbaine et Ville de Genève) et des conseillers municipaux.
La commission a notamment procédé, en octobre 2009, à l'envoi d'un questionnaire aux membres des exécutifs communaux genevois afin d'obtenir des informations sur la gestion des communes. Ce questionnaire est donc venu utilement préciser et compléter les avis recueillis par la commission lors des auditions et compléter ses recherches pour l'élaboration des thèses qu'elle a présentées dans son premier rapport sur l'organisation territoriale. Ces thèses ont fourni la base pour la rédaction des propositions d'articles de la future constitution.
Les résultats de ce questionnaire (
version complète ou 
présentation synthétique), réalisé par l'Institut de hautes études en administration publique (IDHEAP), ont ensuite été exposés lors d'une assemblée de l'Association des communes genevoises, ainsi que lors de trois séances organisées dans le canton à l'intention des conseillers municipaux.
Le travail de la commission, réalisé entre août 2009 et avril 2010, a conduit à la rédaction d'
un rapport général et trois rapports sectoriels. Les thèses contenues dans ces rapports ont été soumises au vote lors des séances plénières de mai à novembre 2010. 
Après la rédaction de l'
avant-projet de constitution par la commission de rédaction, la commission 4 s'est de nouveau réunie, de février à juillet 2011 et a rédigé 
un rapport en vue de la première lecture de l'avant-projet de constitution  qui a été traité en plénière à partir de septembre 2011.